【位置疆域】五指山市位于海南岛中部偏南五指山腹地，北纬18°38′～19°02′，东经109°19′～109°44′，东南与琼中黎族苗族自治县相邻，西接乐东黎族自治县，南抵保亭黎族苗族自治县，北接白沙黎族自治县。东西最大距离43.1千米，南北最大距离45.0千米，土地面积为1144.28平方千米。

【地形地貌】五指山市地形地貌属海南典型的山地地区，境内地形起伏、山岭连绵，群山环抱，主要山脉为五指山山脉，自东经阿陀岭向西延伸，把五指山市分成南北两大区域。地貌类型有山地、丘陵、台地和河流谷地等，山地占全市面积的26.4%；丘陵占66.1%；台地和河流谷地仅占7.5%，主要分布在五指山市区附近、番阳镇、毛阳镇和毛道乡。境内最高峰为五指山第二峰，海拔高度1867.1米，也是海南最高的山峰，最低处位于布伦河口处，海拔高度165米，平均海拔高度316米。

【地质构造】五指山市处于华南褶皱系五指山褶皱带中南部。地质构造历史发展过程中，伴随着中岳、加里东、海西-印支、燕山、喜马拉雅等构造运动，形成了不同方向、不同形态和不同性质的构造形迹，构成了五指山东西向构造带、北东向构造带、南北向构造带等主要构造体系，控制着五指山市沉积建造、岩浆活动、变质变形作用、成矿作用以及挽近时期山川地势的展布。市境内分布的构造主要是断裂构造，发育有东西向、北东向和南北向三组断裂带。东西向尖峰—吊罗断裂带：分布于五指山市境内南部经过，沿断裂带分布一些晚二叠世花岗岩，早三叠世黑云母石英正长岩，晚三叠世花岗岩，早侏罗世辉长岩等呈东西向串珠状分布的岩体，以及在保亭县新村一带温泉遍布出露。北东向连环岭—马形岭断裂带：分布于市境内毛阳—番阳一带经过，沿为断裂分布挤压破碎带，并有燕山晚期岩脉、石英脉或萤石石英脉充填，在什统一带充填在断裂带的萤石石英脉，已形成中型的萤石矿床。南北向风模断层和番阳-高峰断裂带，前者分布于市境内青春岭—牙南一带经过，填充南北向分布的晚白垩世花岗斑岩体；后者分布于市境内番阳—毛道一带经过，填充一些南北向分布的晚二叠世黑云母二长花岗岩和中三叠黑云母二长花岗岩体，晚白垩世花岗斑岩脉。

【山地】五指山市山地面积约105000公顷，占总面积的92.9%。按地貌类型分为中山（海拔1000米以上）和低山（海拔500～1000米）两类。其中中山面积约80000公顷，占76.2%；低山面积约25000公顷，占23.8%。山地呈层圈展布，主要集中于外圈，分属于黎母山和五指山两大山脉。中山主要分布于五指山市与乐东黎族自治县、白沙黎族自治县、琼中黎族苗族自治县、保亭黎族苗族自治县四县接壤的地区，其次为通什、水满、南圣、毛阳等乡镇。全市境内或境界海拔1000米以上山峰34座，最高峰五指山，也是海南省最高的山峰，海拔1867.1米，素有"海南屋脊"之称，是海南的象征。低山所有乡镇均有分布，相对集中于南圣、毛阳、畅好、毛道等乡镇。境内或境界海拔500～1000米的低山41座。

【山脉】五指山市主要山脉有黎母山山脉和五指山山脉。

黎母山山脉 海南岛绵延最长的一组山地，长80千米，宽13千米。以位于五指山市北部与琼中黎族苗族自治县、白沙黎族自治县交界的鹦哥岭（海拔1811米）为主体，其余部分向东北延伸到琼中黎族苗族自治县境内，往西南经五指山市毛阳镇、番阳镇延伸至乐东黎族自治县境内。五指山市境内分布有白石岭、蛙岭、红买岭、青蛙山、大岭、南串岭、番脚岭、尖坡岭、秦王岭、马或岭、林场西、山节岭、毛龙庙、万盖岭等十几座山峰。基岩大部分为下白垩统砂页岩，其余为海西、印支期及燕山期花岗岩。

五指山山脉 海南岛规模最大的一组山地，整个山脉南北长40余千米，东西宽约30千米。主体部分位于五指山市东北与琼中黎族苗族自治县交界处，其余部分向东、南、西、北分别延伸出4支，其中西支横亘五指山市中部，南、北2支分别绵延于五指山市与保亭黎族苗族自治县、琼中黎族苗族自治县交界地带。主峰形如人的五指，由此得名。五指山市海拔1000米以上高山有铁耳岭、水贤山、白铁岭、仲冲什、石土岭、亲仑岭、创造岭、青春岭、七指岭、南畜岭、生毛岭、阿陀岭、九排山、托统、报马岭、昂日岭、青天岭、甘蔗山、红水岭、马咀岭、哥分岭、熊狼岭等。基岩主要为海西、印支期及燕山期花岗岩，仅五指山主峰为燕山期中酸性火山岩。

【土壤】土壤形成及其分布规律 五指山市自然条件复杂多样，热带季风气候，高温多雨，雨季集中，干湿季明显。植物种类多，生长茂密。生物循环旺盛，有机物质积累、分解迅速。母岩种类繁多，有花岗岩、砂岩、砂页岩、变质岩、安山岩、紫色砂岩、石灰岩等等。在高温多雨的环境下，岩石强烈风化，加速土壤的形成过程。

五指山市土壤就是在上述自然条件的作用下发育形成的。由于土壤所存在的地形部位和地域不同，生物气候有显著的变化，水热状况也各异，因此，形成土壤种类也多。在海拔750米以上的山地，自然植被为山地常绿阔叶林或山地雨林。云雾较多，日照少，相对湿度大，土壤水热状况较稳定，土层经常保持湿润，土壤中氧化铁、铝水化，土壤呈强酸性，土壤剖面黄色，形成黄壤。在黄壤以上山顶和山脊上，形成山地灌丛草甸土。海拔400~750米地带，自然植被为山地雨林，水热状况良好，土壤富铝化作用低于砖红壤，土壤红色，土壤呈强酸性反应，为赤红壤。海拔400米以下地带，是热带雨林、季雨林，水热变化差异大，高温湿和干、湿明显，因此，土壤富铝化作用强，大量铁、铝胶体脱水积聚在深厚的土层中，使土壤变红色，呈酸性反应，为砖红壤。五指山市西部地区气候特别干旱，年平均雨量不足1000毫米，蒸发量大于降雨量1倍多，天然植被被破坏，现属灌丛草地，气温高，早季长达6个月，形成明显的干热生物气候，土壤类型形成燥红土。由于五指山市东、西部气差异明显，在同类土壤中，东部和西部分布的地形部位高低有所不同，总体来看土壤分布的上限，西部要比东部高100～200米。

土壤类型及其性状 土壤的发生与发展，受到各种不同成土因素的综合影响。五指山市自然条件变化复杂，在不同地域和地形部位上，具有不同的生物气候和水热状况，因此，形成多种土壤类型。计有土类11个，亚类23个，土属98个，土种283个。

【河流水系】境内水源众多，水系纵横，大小河流约120条。较大河流有属昌化江水系的通什河（南圣河）、毛阳河。昌化江水系在市内的流域面积为74600公顷，占全市总面积的66.1%,此外还有保国河、牙益河、草头河等小河流。常年平均径流量13亿立方米。

通什河（南圣河） 发源于五指山市东部青春岭，向西流经南圣镇至市区，出口番阳合口，流入昌化江干流，全长61.8千米，流域面积66000公顷，沿途有支流草头河、牙益河、保国河流入。

毛阳河 发源于五指山市东部五指山脉，向西流经水满乡永训村、毛阳镇什苗村至番阳镇番阳村与昌化江干流汇合，全长36.3千米，流域面积17700公顷。

保国河 发源于什托岭南部，向北流至毛道乡入通什河，全长26千米，流域面积15800公顷。

牙益河 发源于五指山市的南部报马岭，向北经畅好乡流入通什河，干流全长24千米，流域面积12600公顷。

草头河 发源于五指山市东部番寨岭，流经南圣镇草头村入通什河，干流全长15千米，流域面积2340公顷。